Cuộc họp nằm trong khuôn khổ chuyến thăm chính thức Nhật Bản bắt đầu từ ngày 15/1 của Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Ngoại giao Phạm Gia Khiêm theo lời mời của Bộ Ngoại giao Nhật Bản.
Lãnh đạo của hai bên đều nhất trí tiếp tục tăng cường mối quan hệ hợp tác giữa hai nước, triển khai có hiệu quả Hiệp định đối tác kinh tế Việt Nam - Nhật Bản (VJEPA), phục vụ lợi ích của cả hai bên. Đại diện các Bộ ngành của hai nước đã trao đổi ý kiến nhằm thúc đẩy thực chất những thoả thuận nêu trong VJEPA, góp phần quan trọng tăng cường hợp tác kinh tế, thương mại và đầu tư giữa hai nước trong bối cảnh Việt Nam và Nhật Bản đều chịu tác động sâu sắc của khủng hoảng kinh tế - tài chính toàn cầu.
Về hợp tác kinh tế, phía Nhật Bản tái khẳng định sẽ tích cực hợp tác với Việt Nam để tiếp tục triển khai 3 dự án lớn mang tính chiến lược là tuyến đường sắt cao tốc Bắc - Nam, đường bộ cao tốc Bắc - Nam và Khu công nghệ cao Hòa Lạc.
Bên cạnh đó, hai bên nhất trí sớm tiến hành đàm phán về việc hợp tác đào tạo hộ lý, y tá Việt Nam sang làm việc tại Nhật Bản, đồng thời tích cực hợp tác phát triển ngành công nghiệp phụ trợ tại Việt Nam cũng như hợp tác trong lĩnh vực kiểm dịch thực vật để sản phẩm nông nghiệp Việt Nam, vốn rất được người Nhật Bản ưa thích, có điều kiện tiếp cận nhiều hơn với thị trường Nhật Bản.
Bên lề cuộc họp lần thứ 3 Ủy ban Hợp tác Việt - Nhật, hai bên đã tiến hành phiên họp đầu tiên về trao đổi thông tin liên quan đến quy chế kinh tế thị trường của Việt Nam nhằm giúp Nhật Bản hiểu rõ và sớm công nhận kinh tế Việt Nam là nền kinh tế thị trường.
Quan hệ Việt Nam - Nhật Bản đang phát triển rất tốt đẹp trong nhiều lĩnh vực như chính trị, kinh tế và văn hóa, không chỉ giữa chính phủ với chính phủ mà còn giữa nhân dân với nhân dân. Cam kết viện trợ phát triển chính thức (ODA) của Nhật Bản dành cho Việt Nam đã đạt mức kỷ lục khoảng 1,6 tỷ USD trong năm 2009, bất chấp khủng hoảng kinh tế - tài chính toàn cầu.
Việc Hiệp định Đối tác Kinh tế Việt - Nhật (VJEPA), bắt đầu có hiệu lực từ ngày 1/10/2009, là một sự kiện có ý nghĩa to lớn, tạo cơ sở pháp lý quan trọng thúc đẩy hợp tác đầu tư, thương mại giữa hai nước phát triển mạnh mẽ, nhất là hàng nông sản Việt Nam có cơ hội để nhanh chóng tiếp cận thị trường Nhật Bản.
Cúc Anh